Khử bọt vật lý là một trong những phương pháp thường được sử dụng. Ví dụ, làm chậm tốc độ khuấy bằng cơ học, hoặc tối ưu hóa thiết kế thiết bị chiết xuất để giảm nhiễu loạn cục bộ, từ đó giảm sự trộn lẫn khí. Ngoài ra, gia nhiệt dịch chiết có thể làm giảm sức căng bề mặt và đẩy nhanh quá trình phá vỡ bọt; Khử bọt chân không sử dụng môi trường áp suất giảm để khuyến khích các bọt khí thoát ra, từ đó giảm sự tích tụ bọt.

Phương pháp khử bọt hóa học có thể nhanh chóng phá hủy cấu trúc ổn định của bọt. Thêm một lượng chất khử bọt thích hợp (loại dùng trong thực phẩm hoặc dược phẩm, chẳng hạn như dầu silicon, polyete hoặc dầu thực vật) vào quá trình chiết xuất là một cách trực tiếp và hiệu quả. Đồng thời, bằng cách điều chỉnh giá trị pH của dịch chiết, khả năng tạo bọt của một số hoạt chất cũng có thể bị ức chế, ví dụ như tạo ra saponin trong môi trường trung tính hoặc axit với khả năng tạo bọt yếu.

Phương pháp khử bọt sinh học phù hợp hơn cho các quy trình có yêu cầu nghiêm ngặt về thành phần của dịch chiết. Việc bổ sung các enzyme đặc hiệu (ví dụ: protease, cellulase) có thể phân giải các protein hoặc polysaccharid gây bọt, làm giảm sự hình thành bọt ngay tại nguồn. Ngoài ra, sự hình thành bọt có thể được giảm thiểu thông qua việc lựa chọn các chủng vi khuẩn và kiểm soát quá trình trao đổi chất trong quá trình lên men vi sinh.